Flamurtari i shpëton rënies nga Kategoria Superiore një ditë para skadimit të afatit. Komisioni i Disiplinës në FSHF i i hoqi 6 pikë klubit vlonjat dhe i la 12 ditë kohë për t’u paguar borxhin prej 150 mijë euro ndaj futbollistëve Franc Veliu, Artan Sakaj dhe Klodian Arbri. Administratori Sinan Idrizi fillimisht tha se vendimi ishte i padrejtë, por në fund është dorëzuar duke arritur në një marrëveshje me lojtarët. Sipas akordit, të tre futbollistët kanë marrë një pjesë të borxhit, dhe në këmbim kanë kërkuar ndalimin e penalizimeve të mëtejshme për klubin. Sipas “Panorama Sport”, Flamurtari ka kohë deri në fund të janarit 2017 për të shlyer përfundimisht detyrimet ndaj lojtarëve. Mësohet se paratë për këstet e para që iu dhanë Veliut, Sakajt dhe Arbrit janë siguruar nga e drejta televizive që prej kohësh klubit vlonjat i mbaheshin të bllokuara nga FSHF-ja. Ndërkohë, edhe lojtarët e tjerë të cilët kanë paga të prapambetura do t’i marrin ato në të njëjtën mënyrë si Veliu, Sakaj e Arbri.
